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资源

  • 生物大数据 科研案例 技术支持 服务流程
  • 长链非编码RNA常用数据库



    1.    lncRNABase
    http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php
    提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。构建了最全面的包含了14癌症类型(>6000个样本)Pan-Cancer(泛癌)表达图谱和互作网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。
    2.    LNCipedia
    http://www.lncipedia.org 
    对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。
    3.    ChIPBase
    http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 
    提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。
    4.    lncRNAdb
    http://www.lncrnadb.org/ 
     提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。
    5.    LncRNADisease
    http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease
    提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。
    6.    NONCODE
     http://www.noncode.org 
    提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到第三版。
    7.    NRED
    http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/
    提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。




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