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  • 生物大数据 科研案例 技术支持 服务流程
  • microRNA数据库


    ·         miRBase: http://www.mirbase.org/
    miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。miRBase设在英国曼彻斯特大学生命科学学院, 由英国研究理事会和威康信托基金会桑格研究所资助
    ·         miRecords: http://mirecords.biolead.org/
    动物 miRNA的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS. 美国明尼苏达大学
    ·         PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
    PMRD是一个关于植物microRNA数据库,包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等,并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。中国北京中国农业大学
    ·         CoGeMiR: http://cogemir.tigem.it/
    CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。意大利Teletho医学遗传研究所
    ·         miRWalk: http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/
    miRWalkis是一个综合性数据库,提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。 德国Ruprecht-Karls-Universit?t Heidelberg, Medizinische Fakult?t Mannheim
    ·         TarBase: http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/
    TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因,区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。希腊瓦尔基扎分子肿瘤学研究所. 还见miRGen.
    ·         miRGator:http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html
    miRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测,可以对miRNA的生物学功能进行推测。韩国汉城梨花女子大学
    ·         miRGen:http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html
    miRGen是一个整合型数据库,包括:(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。美国宾夕法尼亚大学. 还见TarBase.
    ·         miRNAMap:http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
    miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因,其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。台湾新竹国立交通大学生物信息学研究所. 还见ViTa.
    ·         Vir-Mir:http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi
    Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。台湾台北中央研究院生物医学科学研究所. 还见miRNAMap.
    ·         ViTa:http://vita.mbc.nctu.edu.tw/
    ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据,包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释,包括人类miRNA的表达情况,病毒感染的组织等。台湾新竹国立交通大学生物信息学研究所. 还见miRNAMap
    ·         ASRP Database:http://asrp.danforthcenter.org/
    ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息,这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。美国俄勒冈州立大学
    ·         miRNApath:http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php
    miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。巴西圣保罗大学遗传学系
    ·         miRex:http://miracle.igib.res.in/mirex/
    miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库,搜集,整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据,它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。印度基因组学和整合生物学研究所
    ·         PolymiRTS:http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/
    自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库. 美国田纳西大学健康科学中心




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