彻底搞清楚promoter, exon, intron, and UTR
• 启动子: RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。
• promoter自然不属于intron和Exon的任何一个，属于noncoding sequence。
• noncoding RNA是现在研究的热点之一。我们常见的MiRNA,SiRNA, antisense RNA tech,这些都是属于ncRNA的范围。只要你在进一步问下：这些RNA是哪里来的？你就知道部分答案，跟那些看似跟编码蛋白没有关系的DNA序列有关系。这部分DNA有个统称就junk DNA，垃圾ＤＮＡ或者冗余DNA，他们编码的RNA就属于 ncRNA.
RNAi就是迄今最经典的ncRNA功能典范。
• An exon is a sequence of DNA that is expressed (transcribed) into RNA and then often, but with many noteworthy exceptions[1] , translated into protein. Adjacent exons may be separated by an intron, which is later removed from the RNA transcript via the splicing mechanism. (From Wikipedia)
• UTR（Untranslated Regions)即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。
• 5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。
转录（Transcription）是遗传信息从DNA到 RNA的转移。即以双链DNA中的一条链为模板，以ATP、CTP、GTP和UTP4种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
Example1:
IL17A interleukin 17A[Homo sapiens]
Location : 6p12
Sequence : Chromosome: 6; NC_000006.11 (52051185..52055436)
gene 1..4252
mRNA join(1..72,1217..1419,2669..4252)
CDS join(46..72,1217..1419,2669..2906)
Example2:
Cx3cr1 chemokine (C-X3-C) receptor 1 [ Mus musculus ]
Location : 9 F4; 9
Sequence : Chromosome: 9; NC_000075.6 (120048693..120068282, complement)
gene 1..19590
mRNA join(1..78,15940..19590)
CDS 15949..17013
常见问题：
问：Promoter在DNA序列中是算内含子还是外显子？
答：都不是。属于noncoding sequence。
问：UTR在DNA序列中是算内含子还是外显子？
答：外显子。
问：起始密码子ATG在gene的哪个位置？
答：外显子内，CDS以ATG开始。
问：每个基因之间都有一定的间隔序列，这些基因间的间隔序列应该不属于内含子吧？
答：是的。属于noncoding sequence。
问：如何寻找启动子区域和预测转录因子结合位点？
答：http://www.dxy.cn/bbs/topic/23466429
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