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  • 彻底搞清楚promoter, exon, intron, and UTR


    •    启动子: RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。
    •    promoter自然不属于intron和Exon的任何一个,属于noncoding sequence。
    •    noncoding RNA是现在研究的热点之一。我们常见的MiRNA,SiRNA, antisense RNA tech,这些都是属于ncRNA的范围。只要你在进一步问下:这些RNA是哪里来的?你就知道部分答案,跟那些看似跟编码蛋白没有关系的DNA序列有关系。这部分DNA有个统称就junk DNA,垃圾DNA或者冗余DNA,他们编码的RNA就属于 ncRNA.
    RNAi就是迄今最经典的ncRNA功能典范。
    •    An exon is a sequence of DNA that is expressed (transcribed) into RNA and then often, but with many noteworthy exceptions[1] , translated into protein. Adjacent exons may be separated by an intron, which is later removed from the RNA transcript via the splicing mechanism. (From Wikipedia)
    •    UTR(Untranslated Regions)即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子两端的非编码片段。   
    •    5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子,3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的末端。
     
    转录(Transcription)是遗传信息从DNA到 RNA的转移。即以双链DNA中的一条链为模板,以ATP、CTP、GTP和UTP4种核苷三磷酸为原料,在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
     
     
    Example1:
    IL17A interleukin 17A[Homo sapiens]
    Location :     6p12
    Sequence :  Chromosome: 6; NC_000006.11 (52051185..52055436)
    gene            1..4252
    mRNA          join(1..72,1217..1419,2669..4252)
    CDS             join(46..72,1217..1419,2669..2906)





     
    Example2:
    Cx3cr1 chemokine (C-X3-C) receptor 1 [ Mus musculus ]
    Location : 9 F4; 9
    Sequence : Chromosome: 9; NC_000075.6 (120048693..120068282, complement)
    gene            1..19590
    mRNA          join(1..78,15940..19590)
    CDS            15949..17013


     
    常见问题:
    问:Promoter在DNA序列中是算内含子还是外显子?
    答:都不是。属于noncoding sequence。
    问:UTR在DNA序列中是算内含子还是外显子?
    答:外显子。
    问:起始密码子ATG在gene的哪个位置?
    答:外显子内,CDS以ATG开始。
    问:每个基因之间都有一定的间隔序列,这些基因间的间隔序列应该不属于内含子吧?
    答:是的。属于noncoding sequence。
    问:如何寻找启动子区域和预测转录因子结合位点?
    答:http://www.dxy.cn/bbs/topic/23466429





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