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    Q肥胖Obesity相关蛋白和脂肪因子Adipokines是一回事吗?两者有什么不一样吗,后者中的182个蛋白都是脂肪因子吗?
    A脂肪因子(adipokines)的全称是脂肪细胞因子(adipocytokines),顾名思义其定义是脂肪细胞分泌的细胞因子。脂肪因子并不一定是仅仅在脂肪组织表达分泌,因此许多脂肪因子也属于其他类型的细胞因子,比如炎症因子、白介素家族等等。所以除了在脂肪组织较为特异性表达的瘦素(leptin)、抵抗素(resistin)、脂联素(adiponeetin)、网膜素(omentin)、内脏脂肪素(Visfatin )、chemerin之外,芯片上还有同样可以在脂肪细胞和其他一些细胞表达分泌的细胞因子,以及一些和脂肪代谢、肥胖相关的其他细胞因子。
     
    Q 在抗体列表中经常会有这样的情况 p53(ab-15) 或者 p53(phospho-Ser15) ,应该怎样理解?
    A括号中的数字说明这是该蛋白的磷酸化位点位置。 p53(Ab-15) 和 p53(phospho-Ser15) 的区别是这样的,抗体 p53(Ab-15) 是使用针对p53 Serine 15位点 的一段合成的多肽制备的,其中 Serine 15 为非磷酸化状态;而抗体 p53(phospho-Ser15) 也是使用针对 p53 Serine 15位点 的一段合成的多肽制备的,其中 Serine 15 为磷酸化状态。因此抗体 p53(Ab-15) 只能识别非磷酸化状态 Serine 15 ,而抗体 p53(phospho-Ser15) 可以识别磷酸化状态 Serine 15 ,这一对抗体在芯片上是配对的。
     
    Q在磷酸化抗体芯片中,为什么往往一个蛋白会有多个抗体对应?
    A由于一个蛋白往往具有不同的磷酸化位点,这些不同位点的磷酸化水平又对应不同的功能状态。而我们抗体芯片上的抗体是针对每个位点特异性的,因此一个蛋白由于具有多个磷酸化位点往往会有多个抗体对应。例如 c-Jun(Phospho-Thr91) 只检测 c-Jun 的 Threonine 91 的磷酸化状态,而 c-Jun(Phospho-Tyr170) 只检测 c-Jun 的 Tyrosine 170 的磷酸化状态。
     
    Q为什么用intensity的比值的log值而不是仅用比值来进行数据处理?
    A举一个很简单的例子,有两个点,一个点的双色荧光比值是2,一个是0.5,也就是说这两个点一个是上调2倍,一个是下调2倍,那么这两个点的平均值应该是1,但是如果仅用比值,则平均值为(2+0.5)/2=1.25,是错误的;如果采用比值的log值(如log2值),则两个点的log2平均值为(log22+log20.5)/2=0,还原为比值为1。主要是因为数学上比值的分布不是对称的,而我们需要达到的目的是f(X/Y)=-f(Y/X),那么这里合适的f(x)函数最简单的就是log函数。
     
    Q蛋白芯片完成后用什么方法验证?western blot吗?
    A蛋白芯片是相对定量的方法,western是定性方法,除非你获得的某种蛋白差异倍数特别大,可以用WB直观反映两类样本中该蛋白的丰度差异,否则不合适用WB进行验证。对蛋白芯片结果的验证,一般可以使用定量ELISA试剂盒。也可以从mRNA水平上检测来印证。(我认为是可以用Western方法来验证的,因为Western至少是半定量的方法,而且被广泛认可用于做定量;在基础科研的使用经验中,我们认为ELISA的准确度是不如Western的,只是针对同一检测蛋白的通量会高不少,而且未必能找到相应验证蛋白的预包被的板。而使用mRNA水平的检测来验证蛋白芯片的结果很明显是不合适的)。
     
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