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      蛋白组学研究是生命科学发展的一个大方向之一,异常的蛋白表达、翻译后修饰或与其他生物分子相互作用,会导致许多疾病,因此对蛋白质的直接研究才能真实地揭示各种生命现象。
      杏园生物的蛋白芯片,可用于检测蛋白表达水平(包括细胞因子),蛋白磷酸化水平,以及蛋白相互作用,是集高通量和应用性于一体的蛋白水平研究工具。

    - 蛋白水平Biomarker
     高通量蛋白芯片,一次实验可最多检测9483种因子,适用于肿瘤或其他疾病蛋白水平的Biomarker研究。
     
    - 适合特殊实验样品
     除常规实验样品外,还可检测多种特殊样品,如尿液、眼泪、唾液、痰、脑脊液、前列腺液、腹腔注射液、奶水、脓肿液、中耳液、血小板释放物、骨头裂解液等。
     
    - 功能研究首选工具
     可用于检测蛋白表达水平、磷酸化水平,研究蛋白质-蛋白质、DNA-蛋白质、RNA-蛋白质、 蛋白-小分子之间的相互作用,从而探索生理现象或疾病发生发展的分子机制。
     

    杏园生物专业提供蛋白芯片技术服务,帮助您实现实验方案设计、芯片检测、数据分析、后期功能研究的全套技术服务,并为您提供符合文献发表要求的数据报告。
     

     
    蛋白表达水平检测(包括细胞因子检测)

    应用领域 种属 因子数量 应用领域 种属 因子数量
    游离蛋白&膜蛋白 1358种 肥胖相关蛋白 182种
    细胞因子 320种 脂肪因子相关蛋白 62种
    信号转导相关蛋白 165种 骨代谢相关蛋白 41种
    生长因子 41种 肾脏和泌尿系统相关蛋白 38种
    胰岛素生长因子信号通路相关蛋白 10种 蛋白酶 34种
    p53信号通路相关蛋白 112种 趋化因子 38种
    基因调控相关蛋白 112种 动脉粥样硬化相关蛋白 20种
    MAPK/PKC通路相关激酶和磷酸酯酶 84种 细胞压力相关蛋白 26种
    激酶蛋白 276种 神经生物学相关通路蛋白 224种
    干细胞相关蛋白 58种 游离蛋白&膜蛋白 小鼠 308种
    多能干细胞标志相关蛋白 15种 细胞因子 小鼠 160种
    造血相关蛋白 50种 血管生成相关蛋白 小鼠 53种
    激素 30种 炎症相关蛋白 小鼠 40种
    细胞周期相关蛋白 60种 动脉粥样硬化相关蛋白 小鼠 22种
    细胞凋亡相关蛋白 73种 趋化因子 小鼠 25种
    血管生成相关蛋白 127种 白介素 小鼠 30种
    基质金属蛋白酶及其抑制蛋白 10种 Th1, Th2, Th17细胞因子 小鼠 18种
    细胞粘附分子 17种 肾脏毒性标志相关蛋白 小鼠 5种
    肿瘤标记物 247种 肥胖相关蛋白 小鼠 38种
    炎症相关蛋白 40种 游离蛋白&膜蛋白 大鼠 90种
    Th1, Th2, Th17细胞因子 34种 细胞因子 大鼠 34种
    白介素-1家族相关细胞因子 11种 细胞因子、趋化因子 大鼠 29种
    抗体分型相关蛋白 8类Ig亚型 急性肾损伤相关蛋白 大鼠 7种
    游离受体 40种 炎症相关蛋白 大鼠 10种
    可溶性受体(血细胞分泌) 119种 肾脏毒性标志相关蛋白 大鼠 6种
    可溶性受体(非血细胞分泌) 105种 肥胖相关蛋白 大鼠 30种
    细胞因子、趋化因子、急性时相蛋白 36种 细胞因子 11种
    急性肾损伤相关蛋白 20种 蛋白及细胞因子 灵长类 46种
    牙周病相关蛋白 20种 蛋白及细胞因子 13种
    干眼病相关蛋白 40种      
     
    蛋白磷酸化水平检测

    应用领域 覆盖量 应用领域 覆盖量
    磷酸化特异性蛋白 1318种 mTOR信号通路蛋白磷酸化 138种
    酪氨酸磷酸化蛋白 228种 FGF信号通路蛋白磷酸化 169种
    受体酪氨酸激酶及相关通路蛋白的磷酸化 71种 AMPK信号通路蛋白磷酸化 174种
    酪氨酸激酶接头蛋白磷酸化 98种 IGF-1R信号通路蛋白磷酸化 245种
    肿瘤/凋亡信号通路蛋白磷酸化 155种 胰岛素受体蛋白磷酸化 219种
    凋亡信号通路蛋白磷酸化 247种 胰岛素/葡萄糖信号通路蛋白磷酸化 85种
    细胞周期控制&DNA损伤蛋白磷酸化 238种 免疫受体蛋白磷酸化 59种
    细胞周期信号通路蛋白磷酸化 76种 NF-kB信号通路蛋白磷酸化 215种
    p53信号通路蛋白磷酸化 196种 PDGF信号通路蛋白磷酸化 195种
    Wnt信号通路蛋白磷酸化 227种 T细胞受体信号通路蛋白磷酸化 188种
    AKT信号通路蛋白磷酸化 216种 TGF-Beta信号通路蛋白磷酸化 176种
    ErbB/Her信号通路蛋白磷酸化 239种 神经科学相关蛋白磷酸化 32种
    ERK信号通路蛋白磷酸化 227种 CREB信号通路蛋白磷酸化 174种
    EGF受体的磷酸化 17种 VEGF信号通路蛋白磷酸化 185种
    EGF信号通路蛋白磷酸化 214种 细胞骨架信号通路蛋白磷酸化 141种
    GPCR到MAPK/ERK信号通路蛋白磷酸化 193种 细胞内信号通路蛋白的翻译后修饰 18种
    Jak/Stat信号通路蛋白磷酸化 202种 核/膜受体磷酸化 52种
    MAPK信号通路蛋白磷酸化 185种 染色质&转录相关蛋白磷酸化 173种
     
    蛋白相互作用的检测

    产品名称 覆盖量 产品名称 覆盖量
    重组蛋白芯片 9483种 重组蛋白芯片 17000种
     
     
     

    研究案例一

    Tumor microenvironment induces innate RAF-inhibitor resistance through HGF secretion

    研究摘要
    Drug resistance remains a vexing problem in the treatment of cancer patients. While many studies have focused on cell autonomous mechanisms of drug resistance, we hypothesized that the tumor microenvironment may confer innate resistance to therapy. Here we developed a co-culture system to systematically assay the ability of 23 stromal cell types to influence the innate resistance of 45 cancer cell lines to 35 anti-cancer drugs. We found that stroma-mediated resistance is surprisingly common – particularly to targeted agents. We further characterized the stroma-mediated resistance of BRAF-mutant melanoma to RAF inhibition because most of these patients exhibit some degree of innate resistance1-4. Proteomic analysis showed that stromal secretion of the growth factor hepatocyte growth factor (HGF) resulted in activation of the HGF receptor MET, reactivation of the MAPK and PI3K/AKT pathways, and immediate resistance to RAF inhibition. Immunohistochemistry confirmed stromal HGF expression in patients with BRAF-mutant melanoma and a statistically significant correlation between stromal HGF expression and innate resistance to treatment. Dual inhibition of RAF and MET resulted in reversal of drug resistance, suggesting RAF/MET combination therapy as a potential therapeutic strategy for BRAF-mutant melanoma. A similar resistance mechanism was uncovered in a subset of BRAF-mutant colorectal and glioblastoma cell lines. More generally, these studies indicate that the systematic dissection of tumor-microenvironment interactions may reveal important mechanisms underlying drug resistance.
       抗药性的产生是癌症患者治疗中的一个比较头疼的问题。一些研究聚焦在细胞本身产生抗药性的机制上,本研究提出假设认为是由于肿瘤所处的微环境导致了对治疗产生了耐受。我们采用了共培养系统系统的测试了23种基质细胞影响45种肿瘤细胞系对35种抗癌药物产生耐药的情况。结果发现这种基质细胞介导的耐受性非常普遍。我们选取基质细胞介导的BRAF突变的黑色素瘤细胞对RAF抑制剂的耐受性为研究对象因为大多数病人对这种药都存在不同程度的耐受性。蛋白质组学的分析发现基质细胞分泌的肝细胞生长因子HGF可以激活其受体MET并进一步激活MAPK及PI3K/AKT信号通路,从而直接导致对RAF抑制剂的耐受。免疫组化实验证实了BRAF突变的黑色素瘤患者的基质HGF的表达,并且这种HGF的基质表达与对治疗产生耐受性之间存在显著的统计学意义。对RAF和MET的双重抑制导致抗药性的消除,提示RAF/MET两盒治疗可以作为BRAF突变的黑色素瘤的潜在治疗策略。类似的耐受机制也存在于部分BRAF突变的结肠癌和胶质细胞瘤细胞系中。总体来说,系统的剖析肿瘤与微环境之间的相互作用可以揭示药物耐受的重要机制。
     
    研究思路
    结果展示

    经过蛋白抗体芯片筛选发现与PLX4720抗药性产生密切相关的细胞因子是肝细胞生长因子HGF。

    研究案例二:

    标题:肿瘤细胞中转移相关的PRL-3诱导激活EGFR信号通路

    抗体芯片在结肠癌信号通路研究上的应用
    研究背景,研究结果和意义
    蛋白酪氨酸磷酸酶PTPs与蛋白酪氨酸激酶(Protein Tyrosine Kinases,PTK)共同维持着酪氨酸蛋白磷酸化的平衡,参与细胞的信号转导,调节细胞的生长、分化、代谢、基因转录和免疫应答等。PTP活性的失调导致酪氨酸磷酸化的异常,与各种疾病包括糖尿病、类风湿性关节炎、癌症等的发生发展有密切关系。PRL-3(Phosphatase of Regenerating Liver-3)是近年发现的属于蛋白酪氨酸磷酸酶PTPs(Protein Tyrosine Phosphatases)家族的成员,其在18个大肠癌的肝转移病人中存在高表达现象,在相应的原发肿瘤和正常上皮细胞中表达水平较低。与转移相关的蛋白酪氨酸磷酸酶PRL-3在推动癌症进展中起到多方面的作用,但PRL-3的信号作用机制仍然不完全清楚。本研究发现PRL-3可以导致EGFR的过度激活及对EGFR信号通路的依赖性,为通过抑制PRL-3来延缓癌症进展提供了一个全新的思路。PRL-3的表达上调可以作为临床生物标志物,用于筛选合适进行抗EGFR治疗的病人。
     
    技术平台相关背景和结果
    蛋白质组学研究室生命科学发展的一个大方向之一,异常的蛋白表达、翻译后修饰或与其他生物分子相互作用,会导致很多疾病,因此对蛋白质的直接研究才能真实的揭示各种生命现象。
    蛋白抗体芯片是一种高通量的ELISA工作平台,它可以高效的检测细胞、组织、血清甚至培养基中的蛋白表达情况。相对于传统的检测方法例如Western或者传统ELISA,蛋白抗体芯片高效以及经济得多。常见的蛋白抗体芯片包括蛋白表达(含细胞因子)抗体芯片、磷酸化抗体芯片及信号通路相关抗体芯片等。

     

    Abdul Qader Omer Al-aidaroos, Hiu Fung Yuen, et al. (2013). Metastasis-associated PRL-3 induces EGFR activation and addiction in cancer cells. J Clin Invest.
    链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=23867504
    The Journal of Clinical Investigation是基础和临床生物医学领域的重要学术期刊之一,2014年影响因子是13.215。

    研究案例三   

    标题:BAG3相互作用组分析发现新功能
     
    研究背景,研究结果和意义
    BAG3是分子伴侣BAG家族的成员之一,在调控凋亡、发育、细胞运动、自噬、肿瘤转移以及介导压力刺激诱导的适应性反应等方面都发挥着重要的作用。BAG3分别含有一个BAG、WW和富脯氨酸重复(PXXP)结构域,这三个结构域都可以介导与不同的蛋白结合。为了在分子水平揭示BAG3的相互作用网络,本研究采用定量免疫共沉淀联合基因敲减和人蛋白质组芯片的方法发现和研究BAG3的相互作用组。研究一共发现382个相互作用的蛋白,分别涉及到不同的功能,包括转移酶活性、核酸结合、转录因子、蛋白酶和伴侣分子等,说明BAG3在不同的细胞功能中都发挥着重要的作用。此外,生物信息学分析发现BAG3的相互作用蛋白主要是泛素蛋白酶体中的组分,说明BAG3的生物学功能主要是和蛋白酶体相关。后续的功能学实验证明BAG3确实与蛋白酶体组分相互作用,并且调控它的活性、维持细胞的存活以及通过下调细胞的凋亡水平对治疗产生抗药性。综上所述,本研究拓宽了我们对于BAG3相互作用组的了解,提供了一个新方法研究BAG3如何影响不同的细胞功能,并且证明这种整合的蛋白质组学研究方法可以为我们提供具有生物学意义的数据。
     
    技术平台相关背景和结果
    重组蛋白芯片上包含有最多达两万个全长的蛋白,涉及激酶、磷酸酶、GPCR、核受体、蛋白酶体等多种功能,这些蛋白是单独纯化并且保持天然构象,最大可能保有原始功能。重组蛋白芯片的一个重要功能就是用来研究蛋白与蛋白之间的相互作用,在一天之内可以鉴定目标蛋白与已知的两万种蛋白之间的作用关系。重组蛋白芯片为研究者提供了一个理想的蛋白质组学研究平台,用来研究其他技术难以鉴定的蛋白之间新的相互作用。

     
    Ying Chen,Li-Na Yang, et al. “Bcl2-associated Athanogene 3 Interactome Analysis Reveals a New Role in Modulating Proteasome Activity.”
    链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=23824909
    MCP是American Society for Biochemistry and Molecular Biology旗下的研究蛋白质组学和方法学方面的专业杂志,2014影响因子是6.6。

    详细实验流程(中文版和英文版)
    质控报告:
    1. 样本质控:蛋白量与浓度需达到上样要求。
    2. 芯片质控:重复探针信号变异系数的中位值一般<20%。
    数据分析报告:
    1. 芯片原始扫描图

    1. 芯片原始信号值、校正后标准值
    2. 差异表达分析
    3. 聚类分析(可选)

    1. GO和pathwayy分析(可选)
     


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