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高通量测序

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             2013年,新英格兰医学杂志(IF 52)上关于乳腺癌治疗的研究文献指出,ctDNA是新的临床Biomarker。ctDNA传统检测方法受限于技术分辨率,有很多的缺陷。但随着二代测序技术的出现,特别是超高深度测序方法的发展,对ctDNA的探索成为可能。
            杏园生物将循环肿瘤DNA研究思路和深度测序技术结合,率先循环肿瘤DNA深度测序技术服务,同时为您提供从实验设计到机制研究的科研方案,以及后期生物治疗转化的应用方案。


    - 最好的肿瘤病症诊断、治疗、复发和转移监测工具
    - 有效监测治疗过程中的药抗反应,及时改进治疗方案
    - 可直接用于血清/血浆实验样品的检测,易于进一步转化医学
     
    下图为各种治疗手段产生的肿瘤异质性会导致临床Biomarker失去作用,通过检测肿瘤ctDNA可提前预知肿瘤耐药性状况,从而及时切换治疗手段。


            杏园生物专业提供肿瘤循环DNA靶向深度测序技术服务,帮助您实现实验方案设计、高通量检测、数据分析、分子机制验证的全套技术服务,并可进一步提供生物治疗转化和应用的技术支持。
    技术路线
     

            血浆/血清中的循环肿瘤DNA(Circulating Tumor DNA, ctDNA)一直是被忽略的临床标记物,主要受限于检测技术的分辨率。不过随着二代测序技术的出现,特别是超高深度测序方法的发展,ctDNA有成为新的研究热点的趋势。今年新英格兰医学杂志(IF 52)的一篇乳腺癌治疗中,ctDNA作为新的biomarker的文章发表,引起学术界多篇评论文章热议,ctDNA俨然成为新的明星分子。
     
          研究背景
           肿瘤治疗中对疗效的实时跟踪是最大的难点,等到耐药性产生临床肿瘤恶化或转移症状时再更换治疗方案,往往已错过了最好的治疗窗口期。目前已被广泛研究肿瘤抗原(如CA-15-3)、循环肿瘤细胞CTC在临床上都有很多缺陷和瓶颈。
         
          研究思路及技术路线
      实验结果
            在30例乳腺癌患者中使用靶向高通量测序或者Digital PCR方法检测血浆ctDNA,阳性检出率为97%。与循环肿瘤细胞检测方法及肿瘤抗原CA 15-3检测方法相比,ctDNA方法检出肿瘤的灵敏度比后两者分别高27%和26%。并且,血浆中检测到的ctDNA,和患者化疗疗效变化的一致性达到95%(治疗效果由影像结果判断)。对约53%(10/19例)的患者,在影像结果证实肿瘤恶化前5个月ctDNA检测即可反映该趋势,可提示临床调整治疗方案。
     
    循环DNA靶向深度测序
    1. 标准数据分析:对测序结果进行去污染接头和低质量序列,统计reads长度和数量及数据产量
    2. 通过严谨的统计学算法计算推导CTC或者ctDNA中肿瘤细胞的比重及突变等位基因频率
    3. 通过统计分析对比肿瘤基因组在干预前后的CTC或者ctDNA突变等位基因频率是否存在显著性变化,用于指导或监控临床用药与治疗效果


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