转录组测序 (Bulk-RNAseq)

样本处理

样本类型：组织、细胞、血液、体液等多样本来源均可适配。
RNA提取：采用高效提取方法，确保RNA高纯度、高完整性(RIN≥7)。

文库构建

mRNA富集：去除rRNA，保留mRNA及部分非编码RNA。
cDNA合成：逆转录生成cDNA，片段化与接头连接，构建高质量测序文库。

高通量测序

平台：Illumina NovaSeq 6000 / DNBSEQ-T7，双端150bp测序。
数据量：每个样本可产生6G~30G+数据，覆盖数百万至上亿读长。

结果报告

可视化报告 + 原始数据/处理数据交付，支持定制化分析与图表输出。

质量控制与预处理

• 原始数据质控 (FastQC)：碱基质量、GC含量、接头污染评估

• 去除低质量读长、修剪接头序列 (Trimmomatic/Cutadapt)

• 高质量数据过滤，确保下游分析准确性

读长比对与组装

• HISAT2/STAR 比对至参考基因组，评估比对效率

• StringTie/Cufflinks 参考基因组导向转录本组装

• 去冗余处理，获得非冗余转录本集合

表达量定量与归一化

• HTSeq/featureCounts/RSEM 定量基因/转录本表达

• FPKM、TPM、Counts矩阵输出

• 样本间归一化校正，消除系统性偏差

差异表达分析

• DESeq2 / edgeR / limma 差异基因筛选

• 火山图 & 差异表达热图绘制

• 输出显著差异基因列表 (p<0.05, |log2FC|≥1)

功能注释与富集分析

• GO 功能注释 (生物学过程BP、细胞组分CC、分子功能MF)

• KEGG 通路富集分析

• GSEA 基因集富集分析 (可选)

聚类与多维可视化

• 样本PCA主成分分析、t-SNE降维聚类

• 基因聚类热图 & 表达趋势图

• 样本相关性热图

新转录本与可变剪接

• 新转录本识别 (StringTie/Cufflinks)

• 可变剪接事件检测与注释 (rMATS/SUPPA)

• 不同条件下剪接模式比较分析

交付报告内容

• 质控报告、比对统计、差异基因列表

• GO/KEGG富集图表、PCA/热图/火山图

• 原始数据(Fastq) + 表达矩阵 + 分析结果全套

基础研究

揭示基因表达调控机制，发现新转录本及非编码RNA功能。

疾病研究

分析疾病相关基因表达变化，助力肿瘤、免疫、神经等疾病诊断靶点发现。

药物研发

评估药物作用下的转录组响应，药效标志物及毒性机制研究。

农业研究

植物/动物在环境胁迫、生长发育中的基因表达模式，促进农业生物育种。