SNP基因分型（Sanger测序法）
SNP基因分型 （Sanger测序法）
Sanger测序法通过对目标区域进行PCR扩增后直接测序，获得每个样本的碱基序列图谱，从而精确判定SNP位点的基因型（纯合/杂合）。作为基因分型“金标准”，具有结果直观、无需探针设计、可发现未知变异等优势，广泛用于位点验证、临床诊断及科研项目。
金标准 · 准确可靠
直接读取核苷酸序列，单碱基分辨率，避免探针杂交/酶切的假阳性或假阴性，结果清晰可验证。
发现未知变异
除了已知SNP位点，还可检测扩增区域内的罕见突变、插入缺失等意外变异，信息量大。
分型结果直观
直接提供峰图及碱基序列，纯合峰为单一信号，杂合显示双峰重叠，一目了然。
灵活 & 低成本小规模
适合中低通量（数十至数百样本，数十个位点）项目，无须昂贵的探针设计，性价比高。
靶标区域信息确认
提供SNP rs号/基因组坐标/序列
引物设计 & PCR扩增
跨越SNP位点，优化体系
PCR产物纯化
去除引物/ dNTPs
循环测序反应
BigDye v3.1 染料终止子法
毛细管电泳
ABI 3730xl/3500 测序仪
数据分析 & 基因型判定
序列比对+峰图判读
| 测序平台 | ABI 3730xl / 3500 基因分析仪 |
|---|---|
| 测序方法 | Sanger双脱氧链终止法（荧光标记毛细管电泳） |
| 样本类型 | gDNA、cDNA、PCR产物、菌液、质粒等 |
| DNA起始量 | gDNA ≥ 100 ng / PCR产物 ≥ 2 μL（或依据浓度推荐） |
| 读长范围 | 通常 600-900 bp (高质量区域) |
| SNP分型准确性 | >99.9% (经峰图双人复核) |
| 检测能力 | 可检测杂合、纯合SNP以及插入缺失(indel)等变异 |
| 周期 | 样本接收后 5-8 个工作日（常规引物-测序-分析） |
| 交付内容 | 原始峰图(.ab1)、碱基序列(.seq)、比对后的基因型报告（Excel/PDF）、测序引物 |
纯合野生型/突变型
单一主峰，无重叠双峰，序列比对显示单一碱基，判定为纯合基因型。
杂合型
SNP位点处出现双峰（两个不同颜色荧光峰），且峰高比例接近1:1，判为杂合基因型。
质控措施
每批次设置阳性/阴性对照、无模板对照；双人独立判读峰图，确保结果准确。
复杂序列处理
对于富集GC区域，采用专用PCR缓冲液及测序添加剂，提升峰图质量，避免套峰干扰。
药物基因组学
CYP2C19、CYP2C9/VKORC1、SLCO1B1等药物代谢SNP分型及验证。
GWAS验证
人群队列SNP位点验证，关联研究候选区域直接测序确认。
临床遗传病检测
耳聋、地中海贫血、遗传性肿瘤等已知SNP位点辅助诊断。
种质资源鉴定
品种特异性SNP标记鉴定，动植物育种分子标记。
其他高通量平台验证
对芯片、质谱、HRM等方法检测的SNP结果进行金标准复核。
未知SNP发现
对特定扩增子直接测序，筛查新变异位点。
一、样本类型与需求量
基因组DNA：体积≥20μL，浓度≥50ng/μL，无蛋白、RNA污染
全血样本：体积≥500μL，采用EDTA抗凝管，避免肝素抗凝
组织样本：新鲜组织≥50mg，石蜡包埋组织≥100mg
细胞样本：贴壁/悬浮细胞≥1×10⁶个
质粒/菌液：质粒浓度≥100ng/μL，菌液采用新鲜斜面培养
二、样本保存与寄送
1. DNA样本：-20℃低温保存，冰袋/干冰运输
2. 新鲜组织/细胞：干冰运输，避免反复冻融
3. 全血样本：4℃冷藏运输，72小时内送达
4. 所有样本避免使用肝素抗凝剂，会抑制PCR反应
三、样本标记与信息
1. 样本管清晰标记样本编号、名称、类型
2. 随样本提供SNP位点信息、基因名称、物种信息
3. 填写样本送检单，随样本一同寄送
四、注意事项
1. 样本避免反复冻融，防止DNA降解
2. 低质量样本可能导致实验失败，建议提供合格样本
3. 寄送前可联系我们确认样本状态与运输方式