文献解析：生物信息学部分(4)- Change-O
文献解析：生物信息学部分(3)- Change-O
近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：
TheChange-O repertoire clonal assignment toolkit was applied to defined clones,SHM, BCR clonal diversity, and abundances.
文献来源：
1. Ma J, Wu Y, Ma L, Yang X, ZhangT, Song G, Li T, Gao K, Shen X, Lin J, Chen Y, Liu X, Fu Y, Gu X, Chen Z, JiangS, Rao D, Pan J, Zhang S, Zhou J, Huang C, Shi S, Fan J, Guo G, Zhang X, Gao Q.A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers. Science. 2024May 3;384(6695):eadj4857. doi: 10.1126/science.adj4857. Epub 2024 May 3. PMID:38696569.
Change-O
Change-O是一个专为免疫组库数据（如B细胞受体（BCR）和T细胞受体（TCR）序列数据）设计的开源软件包，用于分析和处理免疫受体序列。它主要用于BCR和TCR序列的克隆分配、突变分析和基因重排鉴定。以下是Change-O的详细介绍：
Change-O的主要功能
1. 序列格式转换：
-Change-O支持多种序列格式，可以将不同来源的序列数据转换为统一的标准格式，方便后续分析。
2. 克隆分配：
-Change-O可以根据序列的相似性，将BCR或TCR序列分配到不同的克隆群体（clonotype）。克隆分配基于序列的V(D)J基因使用情况、CDR3区域的长度和相似性等信息。
3. 突变分析：
-Change-O可以分析BCR或TCR序列中的体细胞突变，计算突变频率和突变谱，从而揭示受体的成熟过程和抗原选择压力。
4. 基因重排鉴定：
-Change-O可以鉴定免疫受体基因的V(D)J重排情况，包括识别使用的V、D和J基因片段，分析重排的序列特征。
5. 序列注释：
-Change-O可以对BCR和TCR序列进行功能注释，包括识别CDR3区域、确定框架区（FR）和互补决定区（CDR）的位置，计算氨基酸序列和理化性质。
6. 数据整合与过滤：
-Change-O提供了多种数据整合和过滤工具，可以根据质量评分、序列长度、突变频率等标准对数据进行过滤和整合，确保分析结果的可靠性。
应用实例
Change-O在免疫组库研究中有广泛的应用，例如：
- 疫苗研究：分析疫苗接种前后B细胞和T细胞受体的变化，评估免疫反应。
- 自身免疫疾病研究：分析自身免疫疾病患者的BCR和TCR序列，揭示疾病相关的免疫特征。
- 肿瘤免疫研究：分析肿瘤患者的TIL（肿瘤浸润淋巴细胞）中的BCR和TCR序列，揭示肿瘤免疫微环境的特征。
总之，Change-O是一款功能强大的免疫受体序列分析工具，通过一系列生物信息学方法，帮助研究人员深入解析免疫组库数据，揭示免疫受体的多样性和功能机制。