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芯片扫描和图像分析问：可以使用哪些扫描仪进行检测？答：任何基于荧光的扫描仪，只要兼容3英寸×1英寸（76毫米×25毫米）的显微镜玻片，就可以用于检测。以下是常用兼容和不兼容检测系统的列表。如果您无法使用扫描仪，请考虑我们的芯片扫描和图像分析服务。问：实验完成的芯片在扫描仪读取前可以储存多久？答：实验完成后，应尽快扫描芯片。如果您无法立即使用扫描仪，请将完成的芯片储存在不透明的盒子中（以避免光...

问：需要多少细胞才能获得100微克的蛋白质？答：细胞中蛋白质的含量因细胞类型而异。我们通常使用100万至500万个细胞来获得200-400微克的蛋白质。问：我可以使用其他类型的裂解和/或提取缓冲液，而不是芯片实验套装中提供的提取缓冲液吗？答：可以，您可以使用其他裂解缓冲液来裂解细胞和组织；但是，缓冲液中不得含有Tris。细胞裂解液或提取的蛋白质样本中存在Tris会对接蛋白质样本的生物素标记产...

问：我的Western blot结果显示对照样本和处理样本之间有10倍的变化，但芯片结果显示的变化要小得多。这是正常的吗？答：一般来说，芯片结果的倍数变化值比Western blot结果小得多。然而，变化趋势通常是一致的。问：我的Western blot结果显示两个样本之间有很大的变化，但芯片结果显示没有变化。可能的原因是什么？答：磷酸化芯片中的抗体识别磷酸化位点周围的特定残基。磷酸化抗体仅...

问：抗体芯片的主要应用是什么？答：抗体芯片设计用于定性蛋白质表达或磷酸化分析、筛选以及正常、疾病或处理样本之间的比较。问：一套阵列中包含多少张玻片？答：每套芯片试剂盒包含两张相同的玻片。每张玻片可用于分析一个样本。因此，每套芯片试剂盒可以分析两个样本。问：可以使用哪些样本进行分析？答：可以使用的样本包括细胞提取物、组织裂解物、血清样本或培养基中的蛋白质。问：我需要运行对照/已知样本吗？答：建...

文献解析：生物信息学部分(9)-BayesPrism近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：Flowcytometry and pan-cancer TCGA data deconvoluted by BayesPrism (85), a Bayesianstatistical model that infers cell type comp...

文献解析：生物信息学部分(8)-CytoTRACE、scTour和Monocle3近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：To comparethe early and late differentiation stages of EF- and GC-derived ASCs, we usedthree methods to infer t...

文献解析：生物信息学部分(7)-CellPhoneDB和CellChat近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：CellPhoneDB and Cell-Chat were applied toidentify the potential receptor and ligand interaction between B cells ando...

文献解析：生物信息学部分(6)-SCENIC近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：We used SCENIC to predict and validate theTF regulatory network.1. 文献来源Ma J, Wu Y, Ma L, Yang X, Zhang T, Song G,Li T, Gao K,...

文献解析：生物信息学部分(5)- STARTRAC近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：BCR lineage tracing and overlap wascalculated by the Jaccard index and the STARTRAC package (v0.1.0).文献来源：1. Ma J, Wu Y, M...

文献解析：生物信息学部分(3)- Change-O近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：TheChange-O repertoire clonal assignment toolkit was applied to defined clones,SHM, BCR clonal diversity, and abundances.文献来源：1...

文献解析：生物信息学部分(3)- Seurat算法近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：Harmony (v0.1.0) was applied for datasetintegration, and the matrix was used for clustering with the default Seuratpipeline. Ma...

文献解析：生物信息学部分(2)- Harmony算法 近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：We also integrated diverse published datasets containing TIBs, corrected the batch effects using the Harmony algorithm ...

文献解析：生物信息学部分(1)-DoubletFinder近期发表于Science上的科研论文《癌症免疫学-人类肿瘤浸润性B细胞的蓝图》文献中提到：We applied CellRanger V7 for read alignmentand gene-count matrix generation and BCR sequence assembly. Potential doubletswe...

1. 这篇文献用了哪些生信分析方法？DoubletFinder：用于识别和去除单细胞数据中的双重细胞。armony算法：用于不同数据集的整合。Seurat：用于单细胞数据的聚类和标记基因的识别。Change-O：用于BCR序列的克隆分配和分析。STARTRAC：用于细胞谱系追踪和转换分析。SCENIC：用于预测转录因子调控网络。CellPhoneDB和CellChat：用于识别细胞间潜在...